纯血脉的巫族们见了，都心寒了，这样下去，迟早巫族会彻底灭族的，巫族便不再参与两者之间的大战了，不过蚩尤和手下八十一个巫人也很难抵挡。
后来，黄帝请来龙和其它奇怪的猛兽助战。蚩尤的兵士虽然凶猛，但是遇到黄帝的军队，加上这一群猛兽，也抵挡不住，纷纷败逃。
冲出迷黄帝带领兵士乘胜追杀，忽然天昏地黑，浓雾迷漫，狂风大作，雷电交加，天上下起暴雨，黄帝的兵士无法继续追赶。原来蚩尤请来了“风伯”和“雨师”来助战。黄帝也不甘示弱，请来天上的“女魃”帮忙，驱散了风雨。一刹那之间，风止雨停，晴空万里。蚩尤又用妖术制造了一场大雾，使黄帝的兵士迷失了方向。黄帝利用天上北斗星永远指向北方的现象，造了一辆“指南车”，指引兵士冲出迷雾。活捉蚩尤。
经过许多次激烈的战斗，黄帝先后杀死了蚩尤的八十一个兄弟，并最终活捉了蚩尤。黄帝命令给蚩尤带上枷锁，然后处死他。因为害怕蚩尤死后作怪，将他的头和身子分别葬在相距遥远的两个地方。蚩尤戴过的枷锁被扔在荒山上，化成了一片枫林，每一片血红的枫叶，都是蚩尤的斑斑血迹。蚩尤死后，他勇猛的形象仍然让人畏惧，黄帝把他的形象画在军旗上，用来鼓励自己的军队勇敢作战，也用来恐吓敢于和他作对的部落。后来，黄帝受到了许多部落的支持，成为了人族共主，而因为是通天教主教导皇帝，故而没有像后世一样御女三千，只有嫫母一位妻子。
三皇之中，天皇给人族带来了文明，地皇给人族带来了丰裕，而人皇则给人族带来了力量，经历了三皇之后，人族气运已经大涨，五帝也只是锦上添花，基本上没有什么功德了，众位圣人也不再争夺了，黄帝在位九十八年后，寿终正寝，同样被接到了火云洞，而通天教主也因为皇帝获得了不小的功德，而且截教的气运也是大涨，盖过了人教和阐教。
黄帝身为三皇之末，也是五帝之首，起了一个承前启后的作用，黄帝之后，颛顼继位，姓姬，号高阳氏，居住河南濮阳县一带，相传是黄帝的儿子昌意的后代。二十岁时，黄帝将帝位传给了他。古书记载：“高阳氏有才子八人”，可能这是八个氏族。即位后，进行政治改革，颛顼又进行了一次重要的宗教改革。被黄帝征服的九黎族，到颛顼时，仍信奉巫教，杂拜鬼神。颛顼禁绝巫教，强令他们顺从黄帝族的教化，促进了族与族之间的融合。后来，有个部落的首领共工对颛顼非常不满。传说他愤怒地用头撞倒了不周山。顿时，撑着天空的柱子斜了，拴者大地的绳子断了。于是天向西北倾斜，日月星辰移动；地在东南洼陷，江河随之东流。颛顼在位78年，死时90多岁。颛顼子孙很多，屈原就是自称颛顼的后裔。
而在颛顼之后，帝喾继位，帝喾姓姬，号高辛，黄帝的曾孙。父亲叫矮（jiao矮）极，颛顼是他的堂房伯父。帝喾在位时人才济济，把天下治理得很好。帝喾在位70多年。相传帝喾生于穷桑（西海之傧），母握裒因踏巨人足迹而生。帝喾少小聪明好学，十二三岁便有盛名，十五而佐颛顼，封有辛地方（今河南商丘），实住帝丘（今濮阳），三十而得帝位，迁都毫邑（今河南偃师县西南），享寿百岁。死后葬于濮阳顿丘城南台阴野之秋山。
尧帝，姓尹祁，号放勋。因封于唐，故称“唐尧”，由于他德高望重，人民倾心于帝尧。他严肃恭谨，光照四方，上下分明，能团结族人，使邦族之间团结如一家，和睦相处。尧为人简朴，吃粗米饭，喝野菜汤。自然得到人民的爱戴。只是尧帝在位之时，洪水滔滔，尧命鲧负责领导与组织治水工作。鲧采取‘水来土挡‘的策略治水。鲧治水失败后由其独子禹主持治水大任。禹接受任务后，首先就带着尺、绳等测量工具到全国的主要山脉、河流作了一番周密的考察。
他发现龙门山口过于狭窄，难以通过汛期洪水；他还发现黄河淤积，流水不畅。于是他确立了一条与他父亲的‘堵‘相反的方针，叫作‘导‘，就是疏通河道，拓宽峡口，让洪水能更快的通过。
大禹治理黄河时有三件宝，一是河图；二是开山斧；三是定海神针，治水期间，有不少水中妖魔鬼怪阻挡大禹，但是任何妖魔都挡不住他的决心，而大禹身边，最大的功臣，却是一只浑身白色的猴子，这只猴子虽然年纪不大，但是控水之能据说已经超过了当年的水神共工，大禹治水完成之后，赤尻马猴白智获得了其四成的功德，道行也是大涨，而自此，三皇五帝全都归位，人族大兴。
玉皇大帝有一个妹妹，名为瑶姬，天庭十分的冷清，瑶姬受不了天庭的冷清，便私自下凡间，而在人间，认识了学富五车的杨天业，两人一见钟情，不到一年，便谈婚论嫁，瑶姬也成为了杨天佑的妻子，甚至，为杨天佑生下了三个孩子，长子名为杨业，次子杨戬，最小的女儿杨莲，一家人本来过的很好，但是此事却被玉皇大帝知道了，自己的妹妹竟然和一个凡人成亲，实在是丢了仙界的脸面，
盛怒之下，玉皇大帝派出了天兵天将前往捉拿瑶姬，而远在东海的赵紫龙却是看向了天庭，赵紫龙自然听过杨戬劈桃山救母的故事，而能够救杨戬的玉鼎真人现在还是个凡人呢，不过玉皇大帝竟敢派兵干扰凡间秩序，看来这个玉皇大帝最近过的太消停点了，想着赵紫龙眼中露出一丝寒光，传音道：“公明，你前往灌江口，那里有一户人家，玉帝派人干扰凡间秩序，你去将那些人拿下，丢到南天门门口吧。”赵公明听了，点点头，道：“弟子遵命。”随即赵公明便离开了。