在“地下酒厂”发现的一切让星司不寒而栗，原来巴克斯的种种做法不仅仅是为了获得经济上的利益，更有控制世界的可怕野心。他知道仅仅凭借自己个人的力量是绝对不足以和巴克斯的强大势力抗衡，报警更没有用，首先目击到“地下酒厂”状况的证人只有自己，警方不会轻易采信，其次老谋深算的巴克斯也绝对不会让警方发现任何有关药物研究的蛛丝马迹，更何况精通人情世故的巴克斯早已将他的人际关系网拓展到了警界。
思前想后，星司认为自己目前唯一能做的就是保护好手中的“银月双子”，绝不能让它落入巴克斯手中，尽量延缓巴克斯研究药物的进度，再伺机反击。
星司在与丽奈商量之后认为，以目前的情况，他们继续留在乌丸山庄凶多吉少。他们决定以外出谈生意为理由，带上儿子盗一离开乌丸山庄，到鸟取县星司的老家暂时躲避。于是星司一家三口携带宝石“银月双子”，连夜驾着马车离开了乌丸山庄。
马车在崎岖的山道上星司着，突然意外发生了，拉车的马似乎是受了惊吓，竟向悬崖冲去。千钧一发之际，星司奋力将丽奈和盗一母子推下了马车，同时将装有宝石“银月双子”的盒子也扔了出去，自己却随着马车坠下了悬崖……
丽奈悲痛不已，而听闻惨剧赶来的巴克斯却冷笑着说星司一定是中了“潘多拉之石”的诅咒。丽奈虽然认为马车坠崖一事是巴克斯的毒计，但苦于没有任何证据，敢怒不敢言。
巴克斯夺走了装有宝石“银月双子”的盒子。打开后却惊愕地发现原本由两块宝石连在一起的“银月双子”却只剩下一半，另一半不见了。巴克斯下令手下四处搜寻。却始终都找不到另一半宝石。
这时丽奈想起，在临出发前星司曾交给她一封信嘱咐她一定要好好保存。丽奈悄悄地打开信，发现信上画有宝石的图案和一些奇怪的暗号，丽奈认为这一定是星司在暗示他把另一半宝石藏在了何处。
虽然丽奈一时读不懂信上的暗号，但是她暗暗发誓一定要继承星司的遗愿，好好守护好另一半宝石，绝不能让巴克斯得绝不能让巴克斯得到它。
第四部分 竹竿上的奇迹
在成功取得莲耶信任和除掉星司之后，巴克斯成为了乌丸家族和乌丸酒厂绝对的主人，他终于可以毫无顾忌地进行他所谓“改变人类命运”的大计划了。
药物研发需要大量资金支持，因此尽管乌丸家资产颇丰。乌丸酒厂日进斗金，巴克斯依然想尽各种手段获取财富。在他的蛊惑下，原本只想安度晚年的莲耶也成了一个对金钱极度狂热的人。莲耶甚至将一张据说是乌丸家祖传的藏宝图交给了巴克斯，巴克斯认为图上的内容暗示在乌丸家府邸黄昏之馆内藏有巨额财宝，但是苦于解不开藏宝图的暗号。
于是在巴克斯的建议下，莲耶邀请十几位知名考古学家来到黄昏之馆协助寻宝，考古学教授千间恭介就是其中之一，与他一同前往黄昏之馆的还有他的两位助手工藤志贺和妃知平。
然而几个月过去了，几乎把整个黄昏之馆翻遍的考古学家们依然一无所获。乌丸父子心急如焚。为了杜绝后患，同时逼迫考古学家们尽快解开暗号，毒辣的巴克斯决定，有计划地逐步除掉馆内的考古学家们。此时已身患重病，将不久于人世的莲耶也同意巴克斯的意见。
看到身边的考古学家一个个惨遭杀害，千间恭介认真了乌丸父子狠毒的面目。自知难逃一死的恭介虽然解开了暗号，了解到乌丸家所谓祖传的宝藏就是“黄昏之馆”本身。依然没有向乌丸父子透露宝藏的秘密，最后为了保护两位助手。恭介不幸被巴克斯杀害。（关于乌丸家宝藏后来的故事，请参见柯南19集）
恭介遇害后，黄昏之馆内的考古学家只剩下了他的两位助手工藤志贺和妃知平。两位助手虽然年轻，但皆非等闲之辈，工藤志贺具有非凡的观察力和胆识，热衷冒险，他精通符号学和古典秘术，善于研究和破解历史上的未解之谜。妃知平沉着冷静，心思缜密，拥有过人的记忆力，能背诵大量历史典籍。
面对如此险恶的处境，他们并没有绝望，而是决心一定要逃离黄昏之馆，将乌丸父子的罪行大白于天下，为死去的恭介老师和其它被害的考古学家们报仇。然而黄昏之馆的所有出口都被巴克斯的私人卫兵严密的把守着，工藤志贺和妃知平无论走到哪里都有人监视，要逃出去谈何容易？
于是工藤志贺和妃知平一边在与巴克斯虚与委蛇，拖延时间，一边思考逃出去的方法。一次两人在黄昏之馆的院子里散步时，志贺瞥见一座偏僻的小阁楼里突然伸出了一支竹竿，似乎在朝他晃动，他赶紧走到小阁楼前，而他身边的知平则很巧妙地引开了监视他们的卫兵的注意力。就在那一瞬间，伸出竹竿的窗户里突然又伸出一只手，扔下一个小包裹，志贺赶紧将小包裹藏在身上。
志贺和知平回到房间，趁无人注意时悄悄打开了包裹，只见里面是一封信，那封信正是被巴克斯幽禁在小阁楼里的丽奈写的，丽奈在信中简单讲述了星司和自己一家人被巴克斯暗害的遭遇，星司遇害后，巴克斯本想除掉丽奈和盗一母子，但是鉴于丽奈手中很可能掌握“潘多拉之石”另一边下落的秘密和碍于莲耶的面子（毕竟丽奈和巴克斯都是莲耶的孩子，莲耶绝对不会允许手足相残），巴克斯便将丽奈和盗一母子关在黄昏之馆中的一座小阁楼里，并派人严加看管。
丽奈在信中还提到，她很同情志贺和知平的遭遇。愿意帮助他们逃离黄昏之馆，并在信中附了一张地图。那是星司在巴克斯来到乌丸山庄之前为避免山洪和山火开辟的一条由黄昏之馆通往外界的通道的详细位置，建议他们通过这条通道逃生。
极富侠义精神的志贺当即决定。绝不置丽奈母子的安危于不顾，一定要在救出丽奈母子之后再逃离黄昏之馆，并开始计划营救丽奈母子的方案，这是妃知平却提出了另一个意见。
极富侠义精神的志贺当即决定，绝不置丽奈母子的安危于不顾，一定要在救出丽奈母子之后再逃离黄昏之馆，并开始计划营救丽奈母子的方案，这是妃知平却提出了另一个意见。
知平疑惑被囚禁在小阁楼里的丽奈是如何得知黄昏之馆里的情况的，他认为在馆内一定还有人在暗中关照丽奈母子。他建议先找出这个人再一起商量对策。
恍然大悟的志贺深以为然，经过一番观察和推理，志贺和知平认为馆内年轻的女佣久美子很有可能就是他们要找的人。于是两人趁看守他们的卫兵不备，私下约见了久美子。
经过一番交谈，他们了解到，久美子是从小和丽奈一起长大的好友，她们名为主仆，情同姐妹。本来在二年前星司和丽奈准备逃离黄昏之馆之前曾劝久美子也伺机逃离，并为她安排好了出路。但是在星司遇害。丽奈母子被巴克斯拘禁之后，久美子依然决定留在黄昏之馆陪伴丽奈。由于巴克斯没有过多地注意一个小小的女佣，久美子就经常暗中照顾丽奈母子的生活，并偷偷告诉丽奈发生在馆内的一些事情。当听说志贺和知平有意解救丽奈母子。一起逃出黄昏之馆的想法之后，久美子立刻表示愿意尽全力帮助他们。
三个人一起商量逃离计划，志贺告诉大家。他已经根据老师恭介留下的暗示，解开了乌丸家宝藏的秘密。乌丸家所谓的宝藏。其实是指黄昏之馆内的家具大部分都是黄金制品，甚至连馆中的围墙和楼房也是由黄金打造。因此黄昏之馆实际上是名副其实的“黄金之馆”。因此他打算充分利用这个发现帮助大家逃出生天。
志贺面见巴克斯，声称自己已解开宝藏的秘密。他故意帮助巴克斯发现了黄昏之馆里几件由黄金制造的大型家具，却没有告诉他最重要的宝藏“黄金之馆”的秘密。而是欺骗巴克斯最大的宝藏隐藏在乌丸山庄附近的群山深处。巴克斯虽然对志贺的话半信半疑，但是抱着试一试的心理亲自带领手下大量卫兵和家仆到附近的深山中搜寻，只剩下较少的一部分卫兵留守黄昏之馆。
看到“调虎离山”之计奏效，志贺，知平和久美子立刻开始进行下一步行动。身为馆中女佣的久美子在给卫兵们的午饭中偷偷放入了迷丅药，等到卫兵被迷倒之后，三个人立刻前往小阁楼，救出丽奈盗一母子之后通过星司之前留下的逃生通道顺利逃出黄昏之馆。
前尘往事（三）
然而巴克斯也绝非等闲之辈，他很快便识破了志贺的谎言，立刻带领手下赶回黄昏之馆。在发现志贺，知平甚至连阁楼里的丽奈母子都已经逃跑之后，巴克斯勃然大怒，根据众人逃跑时留下的线索，他判断众人并没有逃远，便立刻派遣手下的卫兵和家仆在乌丸山庄附近的小镇中搜寻。
巴克斯的判断是正确的，志贺等人刚刚逃到山下小镇的一间旅馆里，巴克斯手下的追兵就赶到了。为了躲避追捕，志贺提出了一个大胆的建议，他认为五个人在一起目标太大容易被发现，建议他们分成两组，分别住店，知平和久美子假扮成一对年轻的夫妇，自己和丽奈，盗一母子假扮成一家三口。其它人虽然感到有些不好意思，但是因为情况紧急，也只好同意了。
志贺这个计谋果然成功骗过了巴克斯手下的追兵们，几天过后，趁追兵们的搜索有些松懈，志贺和丽奈，盗一母子，知平和久美子分别逃离小镇，远离了巴克斯的魔掌。按照事先的约定，五个人在志贺家——位于东京市郊的工藤宅里会合。
由于继承了一笔数量可观的遗产，为人仗义又爱广交朋友的工藤志贺经常会邀请朋友住到家中。看到丽奈，盗一母子和久美子暂时没有着落，志贺便让他们在自己家里住下。丽奈等人满怀感激的接受了他的好意。
然而一段时间过去了，细心的志贺发现丽奈一直郁郁寡黄，似乎有什么心思，几经追问，丽奈终于说出有关星司留下的那封信的事情，她希望能够找到宝石“银月双子”的另一半，实现星司的遗愿。根据她自己的推理，星司生前应该是把另一半宝石藏在了鸟取县黑羽家的旧宅中，但是苦于不知道具体位置，热心的志贺立刻表示，愿意陪伴丽奈去鸟取县寻找宝石。
丽奈将年幼的盗一托付给久美子和知平照顾，自己和志贺一起奔赴鸟取县。不出他们所料，一路上两人多次遭遇巴克斯手下卫兵的追杀和阻挠，但是在志贺的保护盒帮助下，经过重重波折，丽奈最终破解星司留下来的暗号，成功地找到了藏在黑羽家旧宅里的另一半“银月双子”，并且携带宝石平安的回到了东京工藤家。
尽管认识的时间不长，但是同甘共苦，历经艰险又劫后余生的志贺和丽奈彼此之间早已暗生情愫，然而由于一些现实和心理上的障碍，丽奈一直不敢正视自己对志贺的感情，但是在志贺热烈地追求之下，丽奈终于敞开了心扉。不久后，志贺和丽奈便在知平，久美子，还有小小的盗一的祝福声中，举行了一个简单但是不失热闹的婚礼。
婚后的志贺和丽奈开始了一段平静而又幸福的生活，志贺对年幼的盗一也颇为照顾，就像亲生父子一样。在那一年年底，志贺和丽奈也拥有了他们的爱情结晶儿子工藤优作，于此同时，知平和久美子之间也渐渐萌生了爱情之花，不久，他们就在朋友工藤夫妇的祝福声中喜结良缘。
工藤夫妇和妃夫妇的故事到此就暂告一段落了，但是故事并没有结束，如果年后，工藤和妃家族的后代们将会于巴克斯的组织，展开一场惊天动地的决战……
(未完待续。。)（未完待续）