在打击完不法绅衿之后，皇帝进一步落实摊丁入亩。
锦衣卫里的宋献策对丁随粮行，有精妙的见解，可以去三弊收三利：
三个坏处是：实行丁差，必须不停地编审，但是也得不到人丁的实情，还是出现耄耋为丁，强壮为黄小的弊病；人丁本应死去之后除名，但官吏舞弊，使素封之家不任丁役，贫苦人无丁利有丁徭；穷人承担不起，或者逃往，或者拖欠，官府得不到实惠，还害得里甲赔累，官员被惩责。
三个好处是：买田的人增加田赋随着增添丁役，则卖田的粮去丁亦去，没有包赔的痛苦；以粮派丁，官吏不能放富差贫，可以澄清吏治；无税粮的人口不再受丁银的拖累而逃亡，可以安心在乡从业。
富人大地主贿赂官僚疯狂地上疏反对这项决策，皇帝心意已决，完成了丁、粮合并征收。朝廷的丁银收入有了保证，因为纳粮人交纳丁银的能力，远远超过无地的农民。摊丁入亩，这是损富益贫利国的政策。
为了保护经济发展，皇帝打击私铸铜钱者。现在的商品发展越来越快，需要货币较多，而制造铜钱的主要原料黄铜生产不足，铸钱就少，于是出现钱贵铜贱的现象。按照大明朝廷的规定，每两银子换制钱一千文。但是根据陕西巡抚陈奇瑜的报告，他们那里一两银子只能兑换八百文钱。
铸造铜钱，铜和铅要有合适的比例，以保证质量。天启制钱为铜四铅六，已经是走到极端了，再降低铜含量，就会质量差，铸字模糊。
钱不够用，有些人就私铸小钱，量轻质次如有一种“沙板钱”，铅多铜少，比制钱小而薄，多有小砂眼，故而得名。还有一种叫做“锤扁钱”，钱小而轻，两个才能当制钱一个，但作伪者将之锤薄，使之与制钱大小略等。
这些劣质钱，在每一千制钱中，掺上三四十文，可以合法通行。作伪者有厚礼可图，大量制造，私铸案不断出现。锦衣卫和刑部每年都呈报很多私铸案给皇帝。
为了解决这个问题，皇帝也真是下了心思，他下令禁止民间使用铜器。朱由校以身作则，他下圣旨：除了礼部等必须用黄铜铸造的器皿之外，一律不许再用黄铜制造；已经完成的，当做废铜交给官府，估价给值；倘若有再造者，照违例造禁物律治罪。
户部侍郎倪元璐建议允许地方绅衿交纳铜器顶替钱粮。宋献策更是别出心裁，他提出允许私藏铜器的富贵之家的奴仆告发主人，准许脱籍，并治主人之罪，迫使可能拥有铜器的人家不敢私藏。
严禁私铸的事就不必多说，皇帝命令各省州县官员严防死堵，强力遏制伪造铜钱的现象。
增加铜钱还有一个办法就是增加开采的铜矿，有两个好处：一养穷民，二增国课。但有个前提，即所开的矿场，不妨碍民间的田地。开矿可能损坏山林，使水土流失，堵塞河道，影响水利，破坏已经开垦
的农田。只要没影响到农业，皇帝就能接受开矿。
当然了，开矿还有可能毁掉百姓的祖坟，这是长期受宗法观念统治的人所不能接受的。朱由校就是给他们时间提前迁坟，只要不影响农业，开矿就势在必得。
现在处理完这些事项，皇帝又针对人口繁多、垦田有限而食粮不足的问题，推动农业生产。
朱由校要限制经济作物的发展。广西巡抚报告，广东人多种龙眼、甘蔗、烟草、青靛，收入多，富有，但产米少，不够食用，转向广西采买，而广西产量有限，不能满足广东人的需要，还引起当地粮荒。
皇帝下令提高经济作物的课税，降低粮食作物的课税，让官员去检查，凡是种粮食的地方，劝农民生产食粮，不要种植经济作物，尤其不要栽种烟草。
也可以垦荒来增加粮食，但是中原地区已经把所有的好地方都给占了，剩下的只有山上。不可能把山上的树都给砍了改成农田，这样做既破坏了生态系统，又得不到太多粮食。所以皇帝把垦荒的重点仅仅就是放在辽东而已。
天子的一天是极为忙碌的，大概五点钟起床，六点钟早朝接见群臣。每天的大部分时间都用以处理国家事务。其中典型的事情有：对各省官员有关天气、自然灾害、河道维护、土地开垦、粮食收成以及地方物价等内容的奏疏进行批阅，对那些最为严重的法律案件进行终审判决；对所有文武官员的任命、调换和降职做出批示；对那些进行中的特殊工程，如宏大的建筑项目，比如说寺庙、堤坝和宫殿等等、大规模的庆典或是重要出版物的编纂进行核查。
朱由校批阅正式公文的时候，其中多数只是例行公事，因为内阁已经就皇帝如何回应给出了建议。如果朱由校同意他们的意见，那么他只需做出批复并发布上谕照此行事。不过，他有时候也会不同意大臣之议奏，或是认为他们考虑不周。如果是这样，他就会做出自己的批示，或是将奏议发回大臣进一步审议。
当有大规模的战争发生时，朱由校必须更加勤政。他会与最为信任的大臣们一起制定战略、筹划军事行动、督察后勤，并对战事奏疏进行评估。根据奏疏的时机及紧急程度，皇帝会随时召见大臣，而这就会打乱皇帝通常的日程安排。
中午时分，当天最为紧要的事务才能处理完毕，然后皇帝会留出一点时间召见新任官员。司礼监秉笔太监会准备好每个官员的完整卷宗，以备皇帝召见时所用。凭借这些资料，皇帝的接见可以更有效率，一天之中可能会接见五十多人。
朱由校可能会问及这些新任官员的家庭和家乡或者其他方面的情况，也许还会有选择地向这些官员询问一些更为严肃的问题，比如说地方管理、紧要的经济问题，或是人生哲理等。
会见结束后，皇帝会做出批示。借助这种方式，皇帝可以激发起官员的信任感，也可建立起皇帝与
臣属之间的个人联系，还可以让皇帝亲自了解到哪些新任官员属于能干之人，以便日后提拔。当然，也可以淘汰掉那些在皇帝看来缺乏责任心和奉献精神的官员。当天召见这些官员的最后一个环节是皇帝与心腹重臣的私下会晤，以便审议这些人事决定。
下午两点左右通常是皇帝一天中的主餐时间。尚膳监里有三百多人，他们每天的大部分时间都在为皇帝和其他皇族成员准备各种食物。皇帝每天吃了什么、由何人准备这些食物、哪些太监在旁伺候等都要被仔细记录在案，以免皇帝用膳后出现不适。筷子和餐具均为银制，因为人们相信银制的筷子和餐具遇毒会变黑，这可以防范阴谋的发生。
黄昏以后是朱由校休息的时刻，如果没有紧急政务需要处理，皇帝一般会在晚上八点左右就寝。
经过十几年的苦心经营，这个王朝终于变得欣欣向荣，朝着河清海晏的方向发展。
繁杂纷乱的公务没有压倒年轻的天子，却压倒了年迈的内阁首辅。
孙承宗在夏秋之交换季的时候病倒了。皇帝特命他在家休息了一个多月养好身体，内阁次辅朱燮元负责大政。
在十月初一，皇帝在皇极殿召开一场大宴会，宴请文武群臣数百人。皇帝高坐在龙椅上，官员们按着次序分坐在两旁，殿中央是礼部下辖的乐队，在演奏歌曲，歌颂着“大明万万年”。堂上觥筹交错，好不尽兴。
这场宴会一是为孙承宗病愈回朝庆祝，二是为今年在蠲免有灾荒地区的粮食以后，户部的收入再度提高的喜讯。
正在大家欢声笑语之时，太监刘若愚匆匆来到皇帝身边说了一段话，朱由校听完面色大变，满脸的哀伤。孙承宗见状也知道有大事发生，他急忙叫停了乐队的演奏，让舞女们纷纷退下。
一脸落寞的皇帝从御座上站起来，走到前面，他拿着一杯酒，缓缓地洒在地上。然后面对群臣，他说道：“乐浪总督袁可立病逝了。”
全场鸦雀无声，不知作何回应为好。内阁大学士温体仁最先说道：“陛下，不要过度悲伤。袁大人是为国尽忠而死，有往昔诸葛武侯之风范。臣建议为袁大人大办丧礼，以示尊重。”
皇帝在御台上坐着，说道：“袁先生治理山东，整顿税官，创建海军，品德、功绩皆可与古之大臣相比。收复乐浪省，他有开创之功，福泽中华后世的一代代子孙。可惜啊，可惜，身死异域。朕这就下令用最好的棺椁接他回来。”
袁可立本来身体就不是很强，到了朝鲜之后，有水土不服的缘故，也有公务繁杂累坏了身体。名医喻嘉言也治不好他的病。在患病期间，袁可立把自己治理朝鲜的心得体会倾囊相授，教给来接班的新巡抚汪乔年，在此过程中又加重了病情，最后咽气。
这位名臣被装入棺椁，乘船回到了他的故乡，落叶归根。