天启元年，十月初一。
现在刚刚任命的刑部侍郎温体仁正在负责锦衣遇袭案，所有在仕途做官的桓台新城王氏家族的人全部停职。佥都御史王象乾被勒令待在家中，不得擅自出行。
西南叛乱的速度和程度都超出了朱由校的想象。重庆府以及周边大大小小的州县被攻占，前线的战败报告一封又一封地送入紫禁城。在没有穿越者的世界线上，奢安之乱持续了十七年之久，极大地消耗明廷的财力，造成大量百姓的死伤，彻底动摇了明朝在西南的统治。
皇帝和内阁首辅来到城外的京营，向已经全副武装即将出征的一万大明将士训话。朱由校已经下诏书任命在成都的官员朱燮元为四川巡抚，调派杨愈茂为四川总兵官，入川平叛。面对这样紧急的军情，朱由校准备委派孙传庭领一万京军南下，带着轻重火炮二百门，协助四川巡抚朱燮元彻底平定西南的叛乱。
天子派京军南下，目的也是为了显示中央的军事实力，只要能够平定奢崇明的叛乱，当叛乱者付出了生命的代价，那么西南地区其他土司就不敢反叛朝廷。孙承宗提出要联合当地的土司打仗，尤其是石砫宣慰使秦良玉。
秦良玉是一员巾帼不让须眉的女将，她胆智过人，擅长骑射，又擅长作文章，是猛将亦是儒将。行军治兵，号令严明，所领军队号称“白杆兵”，远近闻名。
这位名留青史的爱国女将，朱由校是钦佩不已的。但是对于联合土司作战的思路，皇帝却有些质疑，他担心其他的土司趁机做大，朱由校命令主要的战役都由明军来负责，依附朝廷的土司兵负责策应。天子特地嘱咐孙传庭要彻底击溃奢崇明的叛军，朱由校送孙将军一句狠话：先降者可赦，后降者应杀。
身着龙袍的皇帝站在高台上，俯视着台下整齐排列的军士，穿着刚从仓库领来的头盔铁甲，一色全新鲜亮整齐。演武台上和辕门两边，由锦衣卫的几十名校尉守护，一个个手握绣春刀，目不斜视，精神抖擞地站立着。朱由校封闭廉泉闸，增强说话声音的音量，用他最大最洪亮的声音说道：
“强悍耐劳的京军士卒们，智勇双全的将军总兵们，主管后勤的文官廉吏们，还有现在在西南叛军手下任贼蹂1躏的百姓们，朕作为大明的皇帝向你们致敬。”天子的雄音环绕着校场，浑厚的声音钻入了每个在场文武将士的耳朵里。
“吾皇万岁万岁万万岁。”一万京军士卒发出了发自肺腑、震撼人心的吼声。
“在场的文武将吏，都是朕的大明赤子。奢酋本是我大明的属夷，乘着多难之秋，反叛中原，西南的百姓正处于水深火热之中。养兵所以卫民，兵不爱民，何乐有兵。凡有正气者，未有不痛心切齿于贼寇。朕现在命令你们出征，入川平叛，还百姓一个太平天下。”
“愿为陛下披坚执锐、扫清叛贼。”这一万将士一齐跪在地上向皇帝承诺到。
“起来吧，士卒们。叛军并不可怕，他们不过是一些土司的民兵罢了，他们没有精良的火炮火枪，缺少足够的兵员。虽然我们丢掉了一些城池，那只不过是他们趁我大明不备，突然袭击才侥幸
获胜的。今天朕命令你们要彻底的剿灭这些扰乱天下的贼寇，这是你们京军完全可以做到的事。”将士们认真的听皇上对于战事的分析。
“战争的胜利是建立在军纪严明上，朕现在重新说一遍军令——违命不尊者斩！临战退缩者斩！救援不力者斩！杀戮良民者斩！奸宿民妇者斩！临期不至者斩！抢掠民财者斩！好了，你们在沙场上建功立业名留青史的时候到了。出征吧，朕的大明将士们。”
“吾皇万岁万岁万万岁！”
呼喊完万岁，一万精锐将士在孙传庭的带领下浩浩荡荡地向四川进军，朝廷购买了大量的马骡为平叛军运输大炮火药、供应粮草。被皇帝从民间启用的少年英才阎应元就在这出征强军中担任前锋。
奢崇明的叛乱正在进行，明军和所属土司已经开始反击了。
名扬天下的女将秦良玉今年已经四十七岁了，带兵来到了重庆府城周围准备作战。她虽是女子，但是身材高大、武艺高强，沙场搏杀远超一般的将领。想当年万历三大征的最后一场战役，平定播州杨应龙叛乱中，秦良玉和她的丈夫石柱宣抚使马千乘率领三千人，随当时的四川总督李化龙前往征讨，夫妇二人杀敌无数，为南川路战功第一。
可惜万历四十一年时，秦良玉的丈夫马千乘被太监邱乘云诬告，病死于云阳的监狱。马千乘被害后，因其子马祥麟年幼，秦良玉于是代领马千乘的职位。邱乘云是矿监，在去年天启皇帝对矿监的清算运动中，被许显纯大刑拷掠，抄了他将近三十万两的白银以后，在牢里头悲惨死去。远在四川的秦良玉听到这个消息以后，大呼万岁圣明，带着儿子到丈夫坟前祭奠，痛哭一场呼喊大仇得报。
今年秦良玉的两位兄长秦邦屏、秦邦翰在辽东沈阳与后金军野战，不幸战死。秦良玉久在沙场，早已有了心理准备，但兄弟的去世对她而言仍然是晴天霹雳一般。虽然朝廷的抚恤一点都没有减少，但是皇帝却以不听军令的名义不给予战死的名誉。秦良玉对此事有些忿忿不平，但她仍然是忠于大明朝的好将军，奢崇明叛乱，秦良玉是西南众多土司中第一个带兵反击的人。
秦良玉先是派弟弟秦民屏、侄子秦翼明等将领率士卒四千人进驻南坪关，扼重庆叛军归路，又分兵守忠州，秦良玉和他的儿子马翔麟自统精兵六千人沿江西上。秦良玉让她的儿媳张凤仪守在家中，她的儿子与年轻的妻子依依不舍的离别。
儿媳张凤仪也是熟读兵书史集，能文善武之人，她是张铨之女。张铨今年作为辽阳巡抚不听军令乱指挥，被皇帝流放到四川来，说是流放其实就是免官，张铨一直住在石砫土司府秦良玉家里，受女儿女婿照料。天子知道此事，睁一只眼闭一只眼也就默许了。
在秦良玉的军中最精锐的是白杆兵，所谓“白杆兵”，就是以持白杆长矛为主的部队，这种白杆长矛是秦良玉根据当地的地势特点而创制的武器，它用结实的白木做成长杆，上配带刃的钩，下配坚硬的铁环，作战时，钩可砍可拉，环则可作锤击武器，必要时，数十杆长矛钩环相接，便可作为越山攀墙的工具，悬崖峭壁瞬间可攀，非常适宜于山地作战。
叛军将领樊龙在遵义府城附近扎营休息。秦良玉带着六千精兵赶到城下，秦将军没有攻城器械，就不敢擅自进攻城池。天色已近黄昏，秦良玉在高处遥望城中，灯火连天，刁斗声不绝，巡哨的兵士往来如云。
观察了一会儿，秦良玉想好了对策，她派儿子马翔麟前去骂阵诱敌出城作战。叛贼樊龙是一个骄傲自大之人，受不了讥讽，开城门出来野战。秦良玉命令白杆兵列阵迎敌，一排排的长枪刺穿了无数反贼的胸膛，樊龙见势不好，亲自带兵断后，让士卒快快撤到城里。
此时，从秦良玉军中冲出来一个白袍小将，他带着二百名骑兵冲入敌阵与樊龙厮杀，后面的步兵紧随其后。这位小将军就是秦良玉的亲儿子马翔麟，他是东汉伏波将军马援之后，勇力绝伦，英武潇洒，能文善书，穿银铠，骑白马，有单骑冲阵、取敌将首级之勇。
只见马翔麟一马当先，二百个骑兵跟随，呐喊一声，一齐冲入敌阵，逢贼便杀。马翔麟一杆铁枪，好似出海的蛟龙，向着人丛中搅去。但见贼阵中人人倒退，因在晚上，贼众不知官兵多少，又是仓促迎敌，各人自相践踏，死伤无数。叛贼将领樊龙毕竟老于军旅，喝令军士有序进城。樊龙挥舞着一柄铁锤，也如流星赶月，杀伤了不少官兵。
马翔麟见樊龙勇猛，就拍马上前来与之激战。打斗数个回合，白袍小将用他的长枪刺穿了叛军老将的喉咙。马翔麟用他的雁翎刀割下樊龙的脑袋，冲着敌军大喊：“樊龙已死，速速投降者不杀。”
敌军听见喊话，看见主将的头颅，士气大减肝胆尽碎。秦良玉乘此时机带领全军杀入城中，杀贼两千多人，俘虏的贼人也有两千多。经此一战，秦将军收复了遵义城。
进入城中，秦良玉目睹了一座人间地狱，到处都是残破的房屋、倒闭的尸体。那叛军将领樊龙在遵义府衙门住宿享乐，在他的住所蓄养着几十条金毛的大犬，犬身高三尺，遍体的毛和金丝一般，形貌十分凶恶，鸣吠时声音很是响亮。
据当地幸存的老百姓所说，反贼攻入遵义城的时候，奢崇明随后朝着成都进军，樊龙留下守城。樊龙性格粗野，对那些反对他的明朝官吏极其残暴。樊龙往往是一刀斫了反对者的首级，叱左右脔割成为片片，就在厅前烹煮了，把肉喂狗。
那犬吃过人肉，双眼发赤，尖牙长出唇外三四寸，见了生人便怒眦啮齿，纵身搏噬。樊龙经常在酒醉的时候，往往将擒得的人，扔进犬舍，十几条恶犬似虎吼般地奔将出来，向生人乱扑乱咬，不多一会儿，那人已被恶犬咬的体无完肤、血肉横飞，樊龙看了抚掌大笑。
听完这些恶行，秦良玉觉得心里一阵恶心，她下令将这些吃人的恶犬乱箭射死。十几条狰狞恶犬死得一头也不剩。秦良玉随后向士卒们严明军纪，严禁骚扰百姓，严禁一切奸1淫掳掠的行为，违者斩。
然后秦良玉吩咐下去，遵义城四门紧闭，部署哨兵防守。秦良玉将那些城中的尸体收敛，给死难的官吏们准备棺材，草草地安葬灵柩。举行完祭奠仪式，让士卒在城内休息了两天之久，养精蓄锐完毕，秦良玉带着儿子继续前行与叛军交战。