桓玄自幼为桓温所喜爱。宁康元年（7年），桓温去世，遗命其弟桓冲统率其军队，并接替他任扬州刺史，以时年五岁的桓玄承袭其封爵南郡公。两年后，桓玄的服丧期满，桓冲亦离任扬州刺史，扬州文武官员与桓冲告别，桓冲摸著桓玄的头说：“这是你家的旧官属呀。”桓玄听后就掩面哭泣，众人都对这反应感到诧异。
桓玄长大后，相貌奇伟，神态爽朗，博通艺术，亦善写文章，对自己的才能和门第颇为自负，总认为自己是英雄豪杰，然而由于其父桓温晚年有篡位的迹象，所以朝廷一直对他深怀戒心而不敢任用。直至太元十六年（91年），二十三岁的桓玄才被任命为太子洗马。几年后出京任义兴（今江苏宜兴）太守，但还是颇觉不得志，曾感叹：“父为九州伯，儿为五湖长！”于是就弃官回到其封国南郡（今湖北江陵）。
桓玄住在南郡的治所，也就是荆州的治所江陵，优游无事，荆州刺史殷仲堪对他十分敬惮，而桓玄因着父叔长年治理荆州的威望而专横荆州，士民畏惧他更过于殷仲堪。殷仲堪因而与其深交，而桓玄打算借助其军力，亦取悦他。
隆安元年（97年），尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，因畏惧青兖二州刺史王恭，图谋削弱各方镇，桓玄知道王恭面对王国宝乱政有忧国之言，故此劝说殷仲堪起兵讨伐王国宝，并派人劝说王恭，推王恭为盟主。当时，殷仲堪个人担忧没有孝武帝的支持，自己被群众认为能力未达一州方伯的情况会被王国宝等人利用，终令他被调离荆州。桓玄亦利用这个担忧劝说殷仲堪，但殷仲堪始终迟疑。不过，当时王恭原来已决定主动起兵，并联结殷仲堪，殷仲堪此时得报，于是答应了响应王恭。不久朝廷畏惧，故杀王国宝、王绪以息事宁人，王恭亦罢兵。然而，始终殷仲堪与桓玄始终没有进行实质的军事行动。
王恭举兵以后，司马道子忧虑王恭和殷仲堪的威胁，于是引司马尚之和司马休之为心腹。隆安二年（98年），因着桓玄请求朝廷让他任广州刺史，而司马道子亦忌惮他，不想他继续长据荆州，于是下诏以他督交广二州军事、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。桓玄受命后却不到职。同时司马道子听从司马尚之多树外藩，不料却因削夺了豫州刺史庾楷都督地区而令其劝王恭再度举兵，王恭遂于当年联结桓玄、殷仲堪等举兵讨伐司马尚之兄弟，桓、殷亦奉其为盟主。殷仲堪认为王恭这次肯定成功，于是积极参战，更分五千兵给桓玄，紧随担任前锋的南郡相杨佺期顺江南下。杨、桓二人到湓口时，亦为讨伐对象的江州刺史王愉逃奔临川，但被桓玄派兵追获。及后虽然庾楷大败给司马尚之，前来投奔桓玄，但桓玄也于白石大败朝廷军队。及后虽然王恭败死，但桓玄和杨佺期进至石头，令司马元显回防京师，并命丹杨尹王恺守石头城。不过，因为刚刚背叛王恭的刘牢之率北府军入援京师，桓玄和杨佺期因畏惧而撤回蔡州，与朝廷军对峙。
当时司马道子打算利诱桓玄和杨佺期，令二人倒伐攻击殷仲堪，于是以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而殷仲堪就被贬广州刺史。此举却令殷仲堪大怒，并命桓玄和杨佺期率兵进攻建康。不过桓玄却对任命十分高兴，打算接受，却犹豫不决。当时殷仲堪从弟弟殷遹口中又听闻杨佺期也决定受命，于是开始撤军[1]。随着殷仲堪撤退，杨佺期部将刘系亦先行撤退，桓玄等大惧，又狼狈西退，直至寻阳（今江西九江市）追上殷仲堪。殷仲堪既失荆州刺史，倚仗桓玄为援；而桓玄本身亦要借助殷仲堪的兵力，故此据势相结，殷仲堪与杨佺期因着其家世声望，共推桓玄为盟主[1][]，皆不受朝命。朝廷见此大家恐惧，唯有下诏安抚，并让殷仲堪复任荆州刺史，请求和解。众人于是受命返回驻地。
早在桓玄在江陵横行时，殷仲堪亲党就已劝殷仲堪杀死桓玄，但没得听从。桓玄自被推为盟主后，就更加矜侉倨傲，而杨佺期就被桓玄以寒门相待，然而出身弘农杨氏的杨佺期却自以其族是华夏贵胄，一直都认为江东其他士族根本比不上他家，于是对桓玄十分不满，更打算袭杀桓玄，可是因殷仲堪顾忌桓玄死后无法控制杨佺期兄弟才阻止。当时桓玄亦知杨佺期想杀死自己，于是有了消灭杨佺期的意图，更屯驻夏口，并以始安太守卞范之为谋主。
隆安三年（99年）请求扩大其辖区，而司马元显亦想以此离间桓玄与殷、杨二人的关系，故此加桓玄都督荆州长沙郡、衡阳郡、湘东郡及零陵郡四郡诸军事，并改以桓玄兄桓伟代杨佺期兄杨广为南蛮校尉。此举触怒了杨佺期兄弟，杨佺期更以支援后秦围攻的洛阳为名起兵，但皆被殷仲堪阻止。当年荆州有大水，殷仲堪开仓赈济灾民，桓玄就乘此机会起兵，亦以救援洛阳为名。当时桓玄写信给殷仲堪，称他要消灭杨佺期，并命殷仲堪收杀杨广，否则会进攻江陵。桓玄并袭取殷仲堪在巴陵的积粮，又向路经夏口的梁州刺史郭铨假称收到朝廷下令命郭铨为自己前锋以讨杨佺期，故此授江夏兵予他，命他督诸军前进。
当时桓玄密报桓伟作为内应，但桓伟遑恐，更向殷仲堪自首，于是被对方掳为人质，并命其写信给桓玄，在信中苦劝桓玄罢兵，不过桓玄不为所动，自度桓伟必因殷仲堪优柔寡断，常虑儿子的性格而无危险。殷仲堪亦派了殷遹率七千水军至西江口，桓玄派郭铨和苻宏击败他；及后殷仲堪又派杨广及殷道护进攻，桓玄再在杨口击败他们，直*至离江陵二十里的零口，震动江陵。后杨佺期自襄阳来攻，桓玄一度退后避其锋锐，但终大败杨佺期，及后由部将冯该并追获及杀掉他。殷仲堪出奔，又被冯该追获，及后被桓玄*令自杀。
桓玄年末消灭了杨佺期和殷仲堪，于是在次年（400年）向朝廷求领荆江二州刺史。朝廷下诏以桓玄都督荆司雍秦梁益宁七州诸军事、后将军、荆州刺史、假节；另以桓伟为江州刺史。但桓玄坚持要由自己领江州刺史，朝廷唯有让桓玄加都督江州及扬州豫州共八郡诸军事，领江州刺史；桓玄又以桓伟为雍州刺史，朝廷碍于当时孙恩叛乱恶化，不能违抗。桓玄于是趁机在荆州任用腹心，训练兵马，并屡次请求讨伐孙恩，但都被朝廷阻止。
隆安五年（401年），孙恩循海道进攻京口，*近建康，桓玄声称勤王起兵，实质想乘乱而入，司马元显于是在孙恩北走远离京师后下诏命桓玄解严。不过，桓玄当时完全控制了其辖区，不但作出调桓伟为江州、镇守夏口，又以司马刁畅督八郡、镇守襄阳，桓振、皇甫敷、冯该等驻湓口等军事调动，更建立了武宁郡和绥安郡分别安置迁徙的蛮族以及招集的流民。朝廷曾下诏征广州刺史刁逵和豫章太守郭昶之，亦被桓玄所留。
元兴元年（40年），司马元显下诏讨伐桓玄，在京的堂兄桓石生密报桓玄。桓玄既封锁长江漕运，令东土饥乏[4]，又因孙恩之乱未平，故认为司马元显无力讨伐，于是一直在荆州等待时机，蓄势待发。然而收到桓石生的通报后，桓玄甚惧，打算坚守江陵。不过卞范之却劝桓玄出兵东下，以桓玄的威名和军力，令其土崩瓦解；反不应主动示弱于人。桓玄于是留桓伟守江陵，亲自率兵东下。桓玄初仍忧他抗佢朝命，害怕手下士兵都不会为他所用，然而过了寻阳仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气亦上升，移檄上奏司马元显之罪。桓玄到姑孰时，派冯该等击败并俘获豫州刺史司马尚之，并夺取了历阳（今安徽和县）。当时司马元显因畏惧，登船而未敢出兵，而刘牢之因担忧击败桓玄后会不容于司马元显，竟与其手下北府军向桓玄投降。桓玄*近建康，司马元显试图守城但溃败。桓玄入京后，称诏解严，并以自己总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人。
桓玄又列会稽王司马道子及司马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后桓玄更派人杀死司马道子；又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。桓玄又图除去刘牢之，先命他为会稽太守，令其远离京口。刘牢之意图反叛但得不到北府军将领支持，于是北逃广陵投靠广陵相高雅之，于途中自杀。司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣于是北逃南燕。
桓玄在三月攻入建康时就废除了元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。及后，桓玄自让丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓脩为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、卞范之为丹杨尹、桓谦为尚书左仆射，分派桓氏宗族和亲信出任内外职位。自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。
四月，桓玄出镇姑孰，辞录尚书事，但朝中大事仍要咨询他，小事则由朝中桓谦和卞范之决定。自晋安帝继位以来，东晋国内战祸连年，人民都厌战不已，而桓玄上台后就罢黜奸佞之徒，擢用俊贤之士，令建康城中都一片欢欣景象，希望能过安定日子。不过很快，桓玄凌侮朝廷[5]，豪奢纵欲，政令无常，故令人民失望。当时三吴大饥荒，很多人死亡，即使是富有的也不过著金玉财宝活活饿死家中，桓玄虽曾下令赈灾，但米粮不多，给予不足，纵然会稽内史王愉召还出外寻食的饥民回去领粮，也就有很多人在道旁饿死。
另一方面，桓玄亦先后杀害吴兴太守高素、竺谦之、高平相竺朗之、刘袭、彭城内史刘季武、冠军将军孙无终等北府军旧将，以图消灭刘牢之领下北府军势力。另亦要朝廷追论平司马元显和殷仲堪、杨佺期的功勋，分别加封豫章公及桂阳公，并转让给儿子桓升及侄儿桓濬。又下诏全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母氏为豫章公太夫人。
元兴二年（40年），桓玄迁大将军，又上请率军北伐后秦，但随后就暗示朝廷下诏不准。桓玄本身就无意北伐，就装作出尊重诏命的姿态停止。同年，桓伟去世，桓玄因公简约礼仪，脱下丧服后又作乐。而桓伟一直是桓玄亲仗的人，桓伟死后桓玄孤危，桓玄不臣之心已露，同时全国对其有怨气，于是打算加快篡位工作。而桓玄亲信殷仲文及卞范之当时亦劝桓玄早日篡位，连朝廷加授桓玄九锡的诏命和册命都暗中写好。桓玄于是进升桓谦、王谧和桓脩等人，让朝廷命自已为相国，更划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡共十郡封自己为楚王，加九锡，并能置楚国国内官属。及后桓玄自解平西将军和豫州刺史，将官属并入相国府。
当时桓玄的行动令原为殷仲堪党众的庾仄起兵七千人反抗，趁著接替桓伟的荆州刺史桓石康未到就袭取襄阳，震动江陵，不过不久就被桓石康等所平定。桓玄及后又假意上表归藩，却又自已代朝廷作诏挽留自己，然后再请归藩，又要晋安帝下手诏挽留，只因桓玄喜欢炫耀这些诏文，故此常常做这些自篇自导的上表和下诏事件。另桓玄亦命人报告祥瑞出现，又想像历代般有高士出现，不惜命皇甫谧六世孙皇甫希之假扮高士，最终竟被时人称作“充隐”。而桓玄对政令执行亦无坚定意志，常改变主意，令政命不一，改变起来乱七八糟。
元兴二年（40年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒[6]，又加车马仪仗及乐器，以楚王妃为王后，楚国世子为太子。十一月丁丑日，由卞范之写好禅让诏书并命临川王司马宝*晋安帝抄写。庚辰日，由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。及后百官到姑孰劝进，桓玄又假意辞让，官员又坚持劝请，桓玄于是筑坛告天，于十二月壬辰日正式登位为帝，并改元“永始”，改封晋安帝为平固王，不久迁于寻阳。
桓玄即帝位后，好行小惠以笼络人心，例如他亲自审讯囚犯时，不管罪刑轻重，多予释放；拦御驾喊冤者，通常也可以得到救济；然而为政繁琐苛刻，又喜欢炫耀自己，官员有将诏书中“春蒐”字误缮为“春菟”，经办人员即全被降级或免职。
桓玄篡位以后，骄奢荒侈，
游猎无道，游乐从夜至昼。即使是桓伟下葬的日子，桓玄在日间哭丧但夜晚就已去游玩了，有时甚至一日之间多次出游。又因桓玄性格急躁，呼召时都要快速，当值官员都在省前系马备用，令宫禁内烦杂，已经不像朝廷了；另桓玄又兴修宫殿、建造可容纳三十人的大乘舆。百姓更因而疲惫困苦，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人于是乘时举义兵讨伐桓玄。元兴三年（404年）二月乙卯日，刘裕等人正式举兵，计划在京口（今江苏镇江）、广陵（今江苏扬州市）、历阳和建康四地一同举兵。其中刘裕派了周安穆向建康的刘毅兄刘迈报告，通知他作内应，然而刘迈惶恐，后更以为图谋被揭向桓玄报告，桓玄初封刘迈为重安侯，但后又以刘迈没有及时收捕周安穆，于是杀害刘迈和其他刘裕于建康的内应。原于历阳举兵的诸葛长民亦被刁逵所捕，但刘裕等终也成功夺取了京口和广陵，镇守两地的桓脩和桓弘皆被杀。
刘裕率义军进军至竹里，桓玄加桓谦为征讨都督。桓谦请求桓玄派兵攻刘裕，但桓玄畏于刘裕兵锐，打算屯兵覆舟山等待刘裕，认为对方自京口到建康后见到大军必然惊愕，且桓玄军坚守不出，对方求战不得，会自动散走。不过桓谦坚持，桓玄就派了顿丘太守吴甫之及右卫将军皇甫敷迎击。不过二人皆在与刘裕作战中战死，桓玄大惧，就召见一众会道术的人作法试图对抗刘裕。后桓玄又命桓谦、何澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，共以二万兵抵抗刘裕。不过刘裕进至覆舟山东时故设疑兵，令敌方以为刘裕兵力众多，桓玄得报后更派庾赜之率兵增援诸军。然而，因为刘裕的兵众大多是北府军出身，故桓谦军队都畏惧刘裕，未有战意，而刘裕则领兵死战，并乘风施以火攻，终击溃桓谦等。
在桓玄派桓谦等抵抗刘裕时，其实已经萌生离去的念头，并命殷仲文准备船只。桓谦等败后，桓玄就于三月己未日与一众亲信西走。桓玄当天没有进食，随行人员就进糙米饭给桓玄，但桓玄吞不下，年幼的桓升抱着桓玄抚慰他，更令桓玄忍不住心中悲伤。
桓玄一直到寻阳，得江州刺史郭昶之供给其物资及军队。后挟持晋安帝至江陵，在江陵署置百官，并且大修水军，不足一个月就已有兵二万，楼船和兵器都显得很强盛的样子。不过桓玄西奔后就怕法令不能认真执行，就轻易处以死刑，故令人心离异。及后何无忌击败桓玄所派何澹之等军，攻陷湓口，进占寻阳，然后与刘毅等一直西进。桓玄亦自江陵率军迎击，两军于五月癸酉日在峥嵘洲相遇，当时桓玄军虽然有兵力优势，但因桓玄经常在船侧泛舟，预演败走时的动作，于是士众毫无斗志，在刘毅的进攻下溃败，焚毁辎重乘夜逃走，郭铨遂向刘毅投降。桓玄于是挟晋安帝继续西走，留晋穆帝皇后何法倪及安帝皇后王神爱于巴陵。殷仲文当时以收集散卒为名移驻别船，并趁机叛变，迎二后回建康。
桓玄于五月己卯日再到江陵，冯该劝桓玄再战，但桓玄不肯，更想投奔梁州刺史桓希。不过当时人心已离，桓玄的命令都没有人执行了。次日，江陵城中大乱，桓玄与心腹数百人出发，到城门时随行有人从暗处走出要斩杀桓玄，但不中，于是彼此厮杀，桓玄勉强登船，身边人员因乱分散，只有卞范之跟随在侧。桓玄正打算到梁州治所汉中（今陕西汉中市）时，但屯骑校尉毛脩之诱使桓玄入蜀，桓玄听从。而当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩派了侄孙毛祐之及参军费恬等领数百人送毛璠丧至江陵，并于五月壬午日在枚回洲与桓玄相遇，二人于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠信的丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死，益州都护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前，桓玄拔下头上玉饰递给冯迁，说：“你是什么人，竟敢杀天子？”冯迁说：“我这只是在杀天子之叛贼而已！”桓玄遂被杀，享年三十六岁。桓玄死后，堂弟桓谦在沮中为桓玄举哀，上谥为武悼皇帝。桓玄头颅则被传至建康，挂在大桁上，百姓看见后都十分欣喜。
据说桓玄出生时，有光照亮房间，占卜者都感到奇异，故得桓玄小名灵宝。
桓玄称帝后入宫，坐上床上，突然床破烂了，众人见此皆失色，殷仲文奉承说：“将由圣德深厚，地不能载。”令桓玄十分高兴。
据说，元兴年间衡阳有母鸡变成雄鸡，八十日后鸡冠却萎缩了。后来桓玄建立楚国，衡阳郡亦在十郡以内，而自桓玄即位至败走建康，也大约是八十日。当时亦有童谣：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”郎君即司马元显，司马元显于元兴元年（40年）被杀，桓氏则于元兴三年（404年）因桓玄败死而遭诛杀。
桓玄擅写文章，可从其事迹中看到。王恭死后，桓玄曾登江陵城南楼，说：“我现在想为王孝伯作悼词。”吟啸良久后就下笔，很快就写好了。桓玄消灭殷仲堪、杨佺期后，荆州刺史府、江州刺史府、后将军府、七州都督府、南郡公府皆来贺，五个版牍一同进入，桓玄见版至使即答，皆美而成章，并不揉杂。[7]桓玄小时，与一众堂兄弟斗鹅，但桓玄的鹅总是不及堂兄弟强，十分不忿。于是有一晚到鹅栏杀死了堂兄弟们的鹅。天亮后家人都惊骇不已，以为发生了怪事，向桓冲报告。但桓冲心知是桓玄作的，一问，果然如此。[8]桓玄喜好装饰和书画，在击败司马元显后，桓玄迁镇姑孰，就大筑城内官府，建筑物和假山水池等都十分壮丽。另又曾以轻舟载着他的书画、服饰和玩物，有人因而劝谏他，桓玄竟说这些东西应该随身，而且称当时兵凶战危，若发生问题就可以很快运走。众人听后都笑他。《晋书》又载他性格贪鄙，极爱奇珍异宝，珠玉等宝物更时不离手。别人有好书画或佳园田宅，桓玄都想得到手，*不到就在赌桌上夺得。桓玄又曾派下属四出迁移果树美竹收归己有，令数千里内好的果树和竹子都被一扫而空。
桓玄尊崇其父桓温，故在篡位称帝后就追尊桓温为“宣武皇帝”，太庙都只供奉他，却没有追尊祖父桓彝或以上的祖宗。故及至桓玄遭受刘裕义军来势汹汹的进攻时，曹靖之称其令晋室神主流离飘泊以及追尊不及祖父触怒神明，令桓玄很是恐惧忿怨。
桓玄因刘裕讨伐而西走江陵时，就于道上作《起居注》，内容都是他抵抗刘裕义军的事，自称自己指挥各军，算无遗策，只因诸将违反其节度才兵败，是非战之罪。由于桓玄专心写《起居注》，所以都没闲暇时间和群下商议对策。写成后桓玄就将《起居注》宣示远近。
5史籍记载桓玄，字敬道，一名灵宝，大司马温之孽子也。其母马氏尝与同辈夜坐，于月下见流星坠铜盆水中，忽如二寸火珠，冏然明净，竞以瓢接取，马氏得而吞之，若有感，遂有娠。及生玄，有光照室，占者奇之，故小名灵宝。你媪每抱诣温，辄易人而后至，云其重兼常儿，温甚爱异之。临终，命以为嗣，袭爵南郡公。年七岁，温服终，府州文武辞其叔父冲，冲抚玄头曰：“此汝家之故吏也。”玄因涕泪覆面，众并异之。及长，形貌瑰奇，风神疏朗，博综艺术，善属文。常负其才地，以雄豪自处，众咸惮之，朝廷亦疑而未用。年二十三，始拜太子洗马，时议谓温有不臣之迹，故折玄兄弟而为素官。太元末，出补义兴太守，郁郁不得志。尝登高望震泽，叹曰：“父为九州伯，儿为五湖长！”弃官归国。自以元勋之门而负谤于世，乃上疏曰：臣闻周公大圣而四国流言，乐毅王佐而被谤骑劫，《巷伯》有豺兽之慨，苏公兴飘风之刺，恶直丑正，何代无之！先臣蒙国殊遇，姻娅皇极，常欲以身报德，投袂乘机，西平巴蜀，北清伊洛，使窃号之寇系颈北阙，园陵修复，大耻载雪，饮马灞浐悬旌赵魏，勤王之师，功非一捷。太和之末，皇基有潜移之惧，遂乃奉顺天人，翼登圣朝，明离既朗，四凶兼澄。向使此功不建，此事不成，宗庙之事岂可孰念！昔太甲虽迷，商祚无忧；昌邑虽昏，弊无三孽。因兹而言，晋室之机危于殷汉，先臣之功高于伊霍矣。而负重既往，蒙谤清时，圣世明王黜陟之道，不闻废忽显明之功，探射冥冥之心，启嫌谤之涂，开邪枉之路者也。先臣勤王艰难之劳，匡复克平之勋，朝廷若其遗之，臣亦不复计也。至于先帝龙飞九五，陛下之所以继明南面，请问谈者，谁之由邪？谁之德邪？岂惟晋室永安，祖宗血食，于陛下一门，实奇功也。
自顷权门日盛，丑政实繁，咸称述时旨，互相扇附，以臣之兄弟皆晋之罪人，臣等复何理可以苟存圣世？何颜可以尸飨封禄？若陛下忘先臣大造之功，信贝锦萋菲之说，臣等自当奉还三封，受戮市朝，然后下从先臣，归先帝于玄宫耳。若陛下述遵先旨，追录旧勋，窃望少垂恺悌覆盖之恩。
疏寝不报。
玄在荆楚积年，优游无事，荆州刺史殷仲堪甚敬惮之。及中书令王国宝用事，谋削弱方镇，内外骚动，知王恭有忧国之言，玄潜有意于功业，乃说仲堪曰：“国宝与君诸人素已为对，唯患相弊之不速耳。今既执权要，与王绪相为表里，其所回易，罔不如志。孝伯居元舅之地，正情为朝野所重，必未便动之，唯当以君为事首。君为先帝所拔，超居方任，人情未以为允，咸谓君虽有思致，非方伯人。若发诏征君为中书令，用殷顗为荆州，君何以处之？”仲堪曰：“忧之久矣，君谓计将安出？”玄曰：“国宝奸凶，天下所知，孝伯疾恶之情每至而当，今日之会，以理推之，必当过人。君若密遣一人，信说王恭，宜兴晋阳之师，以内匡朝廷，己当悉荆楚之众顺流而下，推王为盟主，仆等亦皆投袂，当此无不响应。此事既行，桓文之举也。”仲堪持疑未决。俄而王恭信至，招仲堪及玄匡正朝廷。国宝既死，于是兵罢。玄乃求为广州，会稽王道子亦惮之，不欲使在荆楚，故顺其意。
隆安初，诏以玄督交广二州、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节，玄受命不行。其年，王恭又与庾楷起兵讨江州刺史王愉及谯王尚之兄弟。玄、仲堪谓恭事必克捷，一时响应。仲堪给玄五千人，与杨佺期俱为前锋。军至湓口，王愉奔于临川，玄遣偏将军追获之。玄、佺期至石头，仲堪至芜湖。恭将刘牢之背恭归顺。恭既死，庾楷战败，奔于玄军。既而诏以玄为江州，仲堪等仲皆被换易，乃各回舟西还，屯于寻阳，共相结约，推玄为盟主。玄始得志，乃连名上疏申理王恭，求诛尚之、牢之等。朝廷深惮之，乃免桓脩、复仲堪以相和解。
初，玄在荆州豪纵，士庶惮之，甚于州牧。仲堪亲党劝杀之，仲堪不听。及还寻阳，资其声地，故推为盟主，玄逾自矜重。佺期为人骄悍，常自谓承藉华胄，江表莫比，而玄每以寒士裁之，佺期甚憾，即欲于坛所袭玄，仲堪恶佺期兄弟虓勇，恐克玄之后复为己害，苦禁之。于是各奉诏还镇。玄亦知佺期有异谋，潜有吞并之计，于是屯于夏口。
隆安中，诏加玄都督荆州四郡，以兄伟为辅国将军、南蛮校尉。仲堪虑玄跋扈，遂与佺期结婚为援。初，玄既与仲堪、佺期有隙，恒臣掩袭，求广其所统。朝廷亦欲成其衅隙，故分佺斯所督四郡与玄，佺期甚忿惧。会姚兴侵洛阳，佺期乃建牙，声云援洛，密欲与仲堪共袭玄。仲堪虽外结佺期而疑其心，距而不许，犹虑弗能禁，复遣从弟遹屯于北境以遏佺期。佺期既不能独举，且不测仲堪本意，遂息甲。南蛮校尉杨广，佺期之兄也，欲距桓伟，仲堪不听，乃出广为宜都、建平二郡太守，加征虏将军。佺期弟孜敬先为江夏相，玄以兵袭而召之。既至，以为谘议参军。玄于是兴军西征，亦声云救洛，与仲堪书，说佺期受国恩而弃山陵，宜共罪之。今亲率戎旅，迳造金墉，使仲堪收杨广，如其不尔，无以相信。仲堪本计欲两全之，既得玄书，知不能禁，乃曰：“君自沔而行，不得一人入江也。”玄乃止。
后荆州大水，仲堪振恤饥者，仓廪空竭。玄乘其虚而伐之，先遣军袭巴陵。梁州刺史郭铨当之所镇，路经夏口，玄声云朝廷遣铨为己前锋，乃授以江夏之众，使督诸军并进，密报兄伟令为内应。伟遑遽不知所为，乃自赍疏示仲堪。仲堪执伟为质，令与玄书，辞甚苦至。玄曰：“仲堪为人不得专决，常怀成败之计，为儿子作虑，我兄必无忧矣。”
玄既至巴陵，仲堪遣众距之，为玄所败。玄进至杨口，又败仲堪弟子道护，乘胜至零口，去江陵二十里，仲堪遣军数道距之。佺期自襄阳来赴，与兄广共击玄，玄惧其锐，乃退军马头。佺期等方复追玄苦战，佺期败，走还襄阳，仲堪出奔酂城，玄遣将军冯该蹑佺期，获之。广为人所缚，送玄，并杀之。仲堪闻佺期死，乃将数百人奔姚兴，至冠军城，为该所得，玄令害之。
于是遂平荆雍，乃表求领江、荆二州。诏以玄都督荆司雍秦梁益宁七州、后将军、荆州刺史、假节，以桓脩为江州刺史。玄上疏固争江州，于是进督八州及杨豫八郡，复领江州刺史。玄又辄以伟为冠军将军、雍州刺史。时寇贼未平，朝廷难违其意，许之。玄于是树用腹心，兵马日盛，屡上疏求讨孙恩，诏辄不许。其后恩*京都，玄建牙聚众，外托勤王，实欲观衅而进，复上疏请讨之。会恩已走，玄又奉诏解严。以伟为江州，镇夏口；司马刁畅为辅国将军，督八郡，镇襄阳；遣桓振、皇甫敷、冯该等戍湓口。移沮漳蛮二千户于江南，立武宁郡；更招集流人，立绥安郡。又置诸郡丞。诏征广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，玄皆留不遣。自谓三分有二，知势运所归，屡上祯祥以为己瑞。
初。庾楷既奔于玄，玄之求讨孙恩也，以为右将军。玄既解严，楷亦去职。楷以玄方与朝廷构怨，恐事不克，祸及于己，乃密结于后将军元显，许为内应。元兴初，元显称诏伐玄，玄从兄石生时为太傅长史，密书报玄。玄本谓扬土饥馑，孙恩未灭，必未遑讨己，可得蓄力养众，观衅而动。既闻元显将伐之，甚惧，欲保江陵。长史卞范之说玄曰：“公英略威名振于天下，元显口尚乳臭，刘牢之大失物情，若兵临近畿，示以威赏，则土崩之势可翘足而待，何有延敌入境自取蹙弱者乎！”玄大悦，乃留其兄伟守江陵，抗表率众，下至寻阳，移檄京邑，罪状元显。檄至。元显大惧，下船而不克发。玄既失人情，而兴师犯顺，虑众不为用，恒有回旆之计。既过寻阳，不见王师，意甚悦，其将吏亦振。庾楷谋泄，收絷之。至姑孰，使其将冯该、苻宏、皇甫敷、索元等先攻谯王尚之。尚之败。刘牢之遣子敬宣诣玄降。
玄至新亭，元显自溃。玄入京师，矫诏曰：“义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。”又矫诏加己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，甲杖二百人上殿。玄表列太傅道子及元显之恶，徙道子于安成郡，害元显于市。于是玄入居太傅府，害太傅中郎毛泰、泰弟游击将军邃，太傅参军荀逊、前豫州刺史庾楷父子、吏部郎袁遵、谯王尚之等，流尚之弟丹阳尹恢之、广晋伯允之、骠骑长史王诞、太傅主簿毛遁等于交广诸郡，寻追害恢之、允之于道。以兄伟为安西将军、荆州刺史，领南蛮校尉，从兄谦为左仆射、加中军将军、领选，脩为右将军、徐兖二州刺史，石生为前将军、江州刺史，长史为卞范之为建武将军、丹阳尹、王谧为中书令、领军将军。大赦，改元为大亨。玄让丞相，自署太尉、领平西将军、豫州刺史。又加衮冕之服，绿纟戾绶，增班剑为六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名。
玄将出居姑孰，访之于众，王谧对曰：“《公羊》有言，周公何以不之鲁？欲天下一乎周也。愿静根本，以公旦为心。”玄善其对而不能从。遂大筑城府，台馆山池莫不壮丽，乃出镇焉。既至姑孰，固辞录尚书事，诏许之，而大政皆谘焉，小事则决于桓谦、卞范之。
自祸难屡构，干戈不戢，百姓厌之。思归一统。及玄初至也，黜凡佞，擢俊贤，君子之道粗备，京师欣然。后乃陵侮朝廷，幽摈宰辅，豪奢纵欲，众务繁兴，于是朝野失望，人不安业。时会稽饥荒，玄令赈贷之。百姓散在江湖采稆，内史王愉悉召之还。请米，米既不多，吏不时给，顿仆道路死者十**焉。玄又害吴兴太守高素、辅国将军竺谦之、谦之从兄高平相朗之、辅国将军刘袭、袭弟彭城内史季武、冠军将军孙无终等，皆牢之之党，北府旧将也。袭兄冀州刺史轨及宁朔将军高雅之、牢之子敬宣并奔慕容德。玄讽朝廷以己平元显功，封豫章公，食安成郡地方二百二十五里，邑七千五百户；平仲堪、佺期功，封桂阳郡公，地方七十五里，邑二千五百户；本封南郡如故。玄以豫章改封息升，桂阳郡公赐兄子浚，降为西道县公。又发诏为桓温讳，有姓名同者一皆改之，赠其母马氏豫章公太夫人。元兴二年，玄诈表请平姚兴，又讽朝廷作诏，不许。玄本无资力，而好为大言，既不克行，乃云奉诏故止。初欲饰装，无他处分，先使作轻舸 ，载服玩及书画等物。或谏之，玄曰：“书画服玩既宜恒在左右，且兵凶战危，脱有不意，当使轻而易运。”众咸笑之。
是岁，玄兄伟卒，赠开府、骠骑将军，以桓脩代之。从事中郎曹靖之说玄以桓脩兄弟职居内外，恐权倾天下，玄纳之，乃以南郡相桓石康为西中郎将、荆州刺史。伟服始以公除，玄便作乐。初奏，玄抚节恸哭，既而收泪尽欢，玄所亲仗唯伟，伟既死，玄乃孤危。而不臣之迹已著，自知怨满天下，欲速定篡逆，殷仲文、卞范之等又共催促之，于是先改授群司，解琅邪王司徒，迁太宰，加殊礼，以桓谦为侍中、卫将军、开府、录尚书事，王谧散骑常侍、中书监，领司徒，桓胤中书令，加桓脩散骑常侍、抚军大将军。置学官，教授二品子弟数百人。又矫诏加其相国，总百揆，封南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义阳、建平十郡为楚王，扬州牧，领平西将军、豫州刺史如故，加九锡备物，楚国置丞相已下，一遵旧典。又讽天子御前殿而策授焉。玄屡伪让，诏遣百僚敦劝，又云：“当亲降銮舆乃受命。”矫诏赠父温为楚王，南康公主为楚王后。以平西长史刘瑾为尚书，刁逵为中领军，王嘏为太常，殷叔文为左卫，皇甫敷为右卫，凡众官合六十余人，为楚官属。玄解平西、豫州，以平西文武配相国府。
新野人庾仄闻玄受九锡，乃起义兵，袭冯该于襄阳，走之。仄有众七千，于城南设坛，祭祖宗七庙。南蛮参军庾彬、安西参军杨道护、江安令邓襄子谋为内应。仄本仲堪党，桓伟既死，石康未至，故乘间而发，江陵震动。桓济之子亮起兵于罗县，自号平南将军、湘州刺史，以讨仄为名。南蛮校尉羊僧寿与石康共攻襄阳，仄众散，奔姚兴，彬等皆遇害。长沙相陶延寿以亮乘乱起兵，遣收之。玄徙亮于衡阳，诛其同谋桓奥等。
玄伪上表求归籓，又自作诏留之，遣使宣旨，玄又上表固请，又讽天子作手诏固留焉。玄好逞伪辞，尘秽简牍，皆此类也。谓代谢之际宜有祯祥，乃密令所在上临平湖开除清朗，使众官集贺。矫诏曰：“灵瑞之事非所敢闻也。斯诚相国至德，故事为之应。太平之化，于是乎始，****同悦，情何可言！”又诈云江州甘露降王成基家竹上。玄以历代咸有肥遁之士，而己世独无，乃征皇甫谧六世孙希之为著作，并给其资用，皆令让而不受，号曰高士，时人名为“充隐”。议复肉刑，断钱货，回复改异，造革纷纭，志无一定，条制森然，动害政理。性贪鄙，好奇异，尤爱宝物，珠玉不离于手。人士有法书好画及佳园宅者，悉欲归己，犹难*夺之，皆蒱博而取。遣臣佐四出，掘果移竹，不远数千里，百姓佳果美竹无复遗余。信悦谄誉，逆忤谠言，或夺其所憎与其所爱。
十一月，玄矫制加其冕十有二旒，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕，乐儛八佾，设钟虡宫县，妃为王后，世子为太子，其女及孙爵命之号皆如旧制。玄乃多斥朝臣为太宰僚佐，又矫诏使王谧兼太保，领司徒，奉皇帝玺禅位于己。又讽帝以禅位告庙，出居永安宫，移晋神主于琅邪庙。
初，玄恐帝不肯为手诏，又虑玺不可得，*临川王宝请帝自为手诏，因夺取玺。比临轩，玺已久出，玄甚喜。百官到姑孰劝玄僭伪位，玄伪让，朝臣固请，玄乃于城南七里立郊，登坛篡位，以玄牡告天，百僚陪列，而仪注不备，忘称万岁，又不易帝讳。榜为文告天皇后帝云：“晋帝钦若景运，敬顺明命，以命于玄。夫天工人代，帝王所以兴，匪君莫治，惟德司其元，故承天理物，必由一统。并圣不可以二君，非贤不可以无主，故世换五帝，鼎迁三代。爰暨汉魏，咸归勋烈。晋自中叶，仍世多故，海西之乱，皇祚殆移，九代廓宁之功，升明黜陟之勋，微禹之德，左衽将及。太元之末，君子道消，积衅基乱。钟于隆安，祸延士庶，理绝人伦。玄虽身在草泽，见弃时班，义情理感，胡能无慨！投袂克清之劳，阿衡拨乱之绩，皆仰凭先德遗爱之利，玄何功焉！属当理运之会，猥集乐推之数，以寡昧之身踵下武之重，膺革泰之始，托王公之上，诚仰藉洪基，德渐有由。夕惕祗怀，罔知攸厝。君位不可以久虚，人神不可以乏飨，是用敢不奉以钦恭大礼，敬简良辰，升坛受禅，告类上帝，以永绥众望，式孚万邦，惟明灵是飨。”乃下书曰：“夫三才相资，天人所以成功，理由一统，贞夫所以司契，帝王之兴，其源深矣。自三五已降，世代参差，虽所由或殊，其归一也。朕皇考宣武王圣德高邈，诞启洪基，景命攸归，理贯自昔。中间屯险，弗克负荷，仰瞻宏业，殆若缀旒。藉否终之运，遇时来之会，用获除奸救溺，拯拔人伦。晋氏以多难荐臻，历数唯既，典章唐虞之准，述遵汉魏之则，用集天禄于朕躬。惟德不敏，辞不获命，稽若令典，遂升坛燎于南郊，受终于文祖。思覃斯庆，愿与亿兆聿兹更始。”于是大赦，改元永始，赐天下爵二级，孝悌力田人三级，鳏寡孤独不能自存者谷人五斛。其赏赐之制，徒设空文，无其实也。初出伪诏，改年为建始，右丞王悠之曰：「建始，赵王伦伪号也。」又改为永始，复是王莽始执权之岁，其兆号不祥，冥符僭逆如此。又下书曰：“夫三恪作宾，有自来矣。爰暨汉魏，咸建疆宇。晋氏钦若历数，禅位于朕躬，宜则是古训，授兹茅土。以南康之平固县奉晋帝为平固王，车旗正朔一如旧典。”迁帝居寻阳，即陈留王处邺宫故事。降永安皇后为零陵君，琅邪王为石阳县公，武陵王遵为彭泽县侯。追尊其父温宣武皇帝，庙称太庙，南康公主为宣皇后。封子升为豫章郡王，叔父云孙放之为宁都县王，豁孙稚玉为临沅县王，豁次子石康为右将军、武陵郡王，秘子蔚为醴陵县王，赠冲太传、宣城郡王，加殊礼，依晋安平王故事，以孙胤袭爵，为吏部尚书，冲次子谦为扬州刺史、新安郡王，谦弟脩为抚军大将军、安成郡王，兄歆临贺县王，祎富阳县王，赠伟侍中、大将军、义兴郡王，以子浚袭爵，为辅国将军，浚弟邈西昌县王。封王谧为武昌公，班剑二十人，卞范之为临汝公，殷仲文为东兴公，冯该为鱼复侯。又降始安郡公为县公，长沙为临湘县公，卢陵为巴丘县公，各千户。其康乐、武昌、南昌、望蔡、建兴、永脩、观阳皆降封百户，公侯之号如故。又普进诸征镇军号各有差。以相国左长史王绥为中书令。崇桓谦母庾氏为宣城太妃，加殊礼，给以辇乘。号温墓曰永崇陵，置守卫四十人。
玄入建康宫，逆风迅激，旍旗仪饰皆倾偃。及小会于西堂，设妓乐，殿上施绛绫帐，缕黄金为颜，四角作金龙，头衔五色羽葆旒苏，群臣窃相谓曰：“此颇似？#91；车，亦王莽仙盖之流也。龙角，所谓亢龙有悔者也。”又造金根车，驾六马。是月，玄临听讼观阅囚徒，罪无轻重，多被原放。有干舆乞者，时或恤之。其好行小惠如此。自以水德，壬辰，腊于祖。改尚书都官郎为贼曹，又增置五校、三将及强弩、积射武卫官。元兴三年，玄之永始二年也，尚书答“春蒐”字误为“春菟”，凡所关署皆被降黜。玄大纲不理，而纠摘纤微，皆此类也。以其妻刘氏为皇后，将修殿宇，乃移入东宫。又开东掖、平昌、广莫及宫殿诸门，皆为三道。更造大辇，容三千人坐，以二百人舁之。性好畋游，以体大不堪乘马，又作徘徊舆，施转关，令回动无滞。既不追尊祖曾，疑其礼义，问于群臣。散骑常侍徐广据晋典宜追立七庙，又敬其父则子悦，位弥高者情理得申，道愈广者纳敬必普也。玄曰：“《礼》云三昭、三穆，与太祖为七，然则太祖必居庙之主也，昭穆皆自下之称，则非逆数可知也。礼，太祖东向，左昭右穆。如晋室之庙，则宣帝在昭穆之列，不得在太祖之位。昭穆既错，太祖无寄，失之远矣。”玄曾祖以上名位不显，故不欲序列，且以王莽九庙见讥于前史，遂以一庙矫之，郊庙斋二日而已。秘书监卞承之曰：“祭不及祖，知楚德之不长也。”又毁晋小庙以广台榭。其庶母蒸尝，靡有定所，忌日见宾客游宴，唯至亡时一哭而已。期服之内，不废音乐。玄出游水门，飘风飞其仪盖。夜，涛水入石头，大桁流坏，杀人甚多。大风吹朱雀门楼，上层坠地。
玄自篡盗之后，骄奢荒侈，游猎无度，以夜继昼。兄伟葬日，旦哭晚游，或一日之中屡出驰骋。性又急暴，呼召严速，直官咸系马省前，禁内哗杂，无复朝廷之体。于是百姓疲苦，朝野劳瘁，怨怒思乱者十室**焉。于是刘裕、刘毅、何无忌等共谋兴复。裕等斩桓脩于京口，斩桓弘于广陵，河内太守辛扈兴、弘农太守王元德、振威将军童厚之、竟陵太守刘迈谋为内应。至期，裕遣周安穆报之，而迈惶遽，遂以告玄。玄震骇，即杀扈兴等，安穆驰去得免。封迈重安侯，一宿又杀之。
裕率义军至竹里，玄移还上宫，百僚步从，召侍官皆入止省中。赦扬、豫、徐、兖、青、冀六州，加桓谦征讨都督、假节，以殷仲文代桓脩，遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北距义军。裕等于江乘与战，临阵斩甫之，进至罗落桥，与敷战，复枭其首。玄闻之大惧，乃召诸道术人推算数为厌胜之法，乃问众曰：“朕其败乎？”曹靖之对曰：“神怒人怨，臣实惧焉。”玄曰：“人或可怨，神何为怒？”对曰：“移晋宗庙，飘泊失所，大楚之祭，不及于祖，此其所以怒也。”玄曰：“卿何不谏？”对曰：“辇上诸君子皆以为尧舜之世，臣何敢言！”玄愈忿惧，使桓谦、何澹之屯东陵，卞范之屯覆舟山西，众合二万，以距义军。裕至蒋山，使羸弱贯油帔登山，分张旗帜，数道并前。玄侦侯还云：“裕军四塞，不知多少。”玄益忧惶，遣武卫将军庾颐之配以精卒，副援诸军。于时东北风急，义军放火，烟尘张天，鼓噪之音震骇京邑。刘裕执钺麾而进，谦等诸军一时奔溃。玄率亲信数千人声言赴战，遂将其子升、兄子浚出南掖门，西至石头，使殷仲文具船，相与南奔。
初，玄在姑孰，将相星屡有变；篡位之夕，月及太白，又入羽林，玄甚恶之。及败走，腹心劝其战，玄不暇答，直以策指天。而经日不得食，左右进以粗饭，咽不能下。升时年数岁，抱玄胸而抚之，玄悲不自胜。
刘裕以武陵王遵摄万机，立行台，总百官。遣刘毅、刘道规蹑玄，诛玄诸兄子及石康兄权、振兄洪等。
玄至寻阳，江州刺史郭昶之给其器用兵力。殷仲文自后至，望见玄舟，旌旗舆服备帝者之仪，叹息曰：“败中复振，故可也。”玄于是*乘舆西上。桓歆聚党向历阳，宣城内史诸葛长民击破之。玄于道作起居注，叙其距义军之事，自谓经略指授，算无遗策，诸将违节度，以致亏丧，非战之罪。于是不遑与群下谋议，唯耽思诵述，宣示远近。玄至江陵，石康纳之，张幔屋于城南，署置百官，以卞范之为尚书仆射，其余职多用轻资。于是大修舟师，曾未三旬，众且二万，楼船器械甚盛。谓其群党曰：“卿等并清涂翼从朕躬，都下窃位者方应谢罪军门，其观卿等入石头，无异云霄中人也。”
玄以奔败之后，惧法令不肃，遂轻怒妄杀，人多离怨。殷仲文谏曰：“陛下少播英誉，远近所服，遂扫平荆雍，一匡京室，声被八荒矣。既据有极位，而遇此圮运，非为威不足也。百姓喁喁，想望皇泽，宜弘仁风，以收物情。”玄怒曰：“汉高、魏武几遇败，但诸将失利耳！以天文恶，故还都旧楚，而群小愚惑，妄生是非，方当纠之以猛，未宜施之以恩也。”玄左右称玄为“桓诏”，桓胤谏曰：“诏者，施于辞令，不以为称谓也。汉魏之主皆无此言，唯闻北虏以苻坚为 苻诏 耳。愿陛下稽古帝则，令万世可法。”玄曰：“此事已行，今宣敕罢之，更为不祥。必其宜革，可待事平也。”荆州郡守以玄播越，或遣使通表，有匪宁之辞，玄悉不受，仍乃更令所在表贺迁都。
玄遣游击将军何澹之、武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭就郭铨以数千人守湓口。又遣辅国将军桓振往义阳聚众，至弋阳，为龙骧将军胡哗所破，振单骑走还。何无忌、刘道规等破郭铨、何澹之、郭昶之于桑落洲，进师寻阳。玄率舟舰二百发江陵，使苻宏、羊僧寿为前锋。以鄱阳太守徐放为散骑常侍，欲遣说解义军，谓放曰：“诸人不识天命，致此妄作，遂惧祸屯结，不能自反。卿三州所信，可明示朕心，若退军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。江水在此，朕不食言。”放对曰：“刘裕为唱端之主，刘毅兄为陛下所诛，并不可说也。辄当申圣旨于何无忌。”玄曰：“卿使若有功，当以吴兴相叙。”放遂受使，入无忌军。
魏咏之破桓歆于历阳，诸葛长民又败歆于芍陂，歆单马渡淮。毅率道规及下邳太守孟怀玉与玄战于峥嵘洲。于时义军数千，玄兵甚盛，而玄惧有败衄，常漾轻舸于舫侧，故其众莫有斗心。义军乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁，郭铨归降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人，袭破寻阳城，毅遣建威将军刘怀肃讨平之。玄留永安皇后及皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散军，因叛玄，奉二后奔于夏口。玄入江陵城，冯该劝使更下战，玄不从，欲出汉川，投梁州刺史桓希，而人情乖阻，制令不行。玄乘马出城，至门，左右于暗中斫之，不中，前后相杀交横，玄仅得至船。于是荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之率文武营卫。
时益州刺史毛璩使其从孙祐之、参军费恬送弟璠丧葬江陵，有众二百，璩弟子脩之为玄屯骑校尉，诱玄以入蜀，玄从之。达枚回洲，恬与祐之迎击玄，矢下如雨。玄嬖人丁仙期、万盖等以身敝玄，并中数十箭而死。玄被箭，其子升辄拔去之。益州督护冯迁抽刀而前，玄拔头上玉导与之，仍曰：“是何人邪？敢杀天子！”迁曰：“欲杀天子之贼耳。”遂斩之，时年三十六。又斩石康及浚等五级，庾颐之战死。升云：“我是豫章王，诸君勿见杀。”送至江陵市斩之。
初，玄在宫中，恒觉不安，若为鬼神所扰，语其所亲云：“恐己当死，故与时竞。”元兴中，衡阳有雌鸡化为雄，八十日而冠萎。及玄建国于楚，衡阳属焉，自篡盗至败，时凡八旬矣。其时有童谣云：“长干巷，巷长干，今年杀郎君，后年斩诸桓。”其凶兆符会如此。郎君，谓元显也。
是月，王腾之奉帝入居太府。桓谦亦聚众沮中，为玄举哀，立丧庭，伪谥为武悼皇帝。毅等传送玄首，枭于大桁，百姓观者莫不欣幸。
何无忌等攻桓谦于马头，桓蔚于龙洲，皆破之。义军乘胜竞进，振、该等距战于灵溪，道规等败绩，死没者千余人。义军退次寻阳，更缮舟甲。毛璩自领梁州，遣将攻汉中，杀桓希。江夏相张畅之、高平太守刘怀肃攻何澹之于西塞矶，破之。振遣桓蔚代王旷守襄阳。道规进讨武昌，破伪太守王旻。魏咏之、刘籓破桓石绥于白茅。义军发寻阳。桓亮自号江州刺史，侵豫章，江州刺史刘敬宣讨走之。义军进次夏口。伪镇东将军冯该等守夏口，扬武将军孟山图据鲁城，辅国将军桓山客守偃月垒。刘毅攻鲁城，道规攻偃月垒，无忌与檀祗列舰中流，以防越逸。义军腾赴，叫声动山谷，自辰及午，二城俱溃，冯该散走，生擒山客。毅等平巴陵。毛璩遣涪陵太守文处茂东下，振遣桓放之为益州，屯夷陵，处茂距战，放之败走，还江陵。
义熙元年正月，南阳太守鲁宗之起义兵袭襄阳，破伪雍州刺史桓蔚。无忌诸军次江陵之马头，振拥帝出营江津。鲁宗之率众于柞溪，破伪武贲中郎温楷，进至纪南。振自击宗之，宗之失利。时蜀军据灵溪，毅率无忌、道规等破冯该军，推锋而前，即平江陵。振见火起，知城已陷，乃与谦等北走。是日，安帝反正。大赦天下，唯逆党就戮，诏特免桓胤一人。桓亮自豫章，自号镇南将军、湘州刺史。苻宏寇安成、庐陵，刘敬宣遣将讨之，宏走入湘中。二月，桓谦、何澹之、温楷等奔于姚兴。桓振与宏出自涢城，袭破江陵，刘怀肃自云杜伐振等，破之。广武将军唐兴斩振及伪辅国将军桓珍，毅于临鄣斩伪零陵太守刘叔祖。桓亮、苻宏复出冠湘中，害郡守长吏，檀祗讨宏于湘东，斩之，广武将军郭弥斩亮于益阳，其余拥众假号皆讨平之。诏徙桓胤及诸党与于新安诸郡。
三年，东阳太守殷仲文与永嘉太守骆球谋反，欲建桓胤为嗣，曹靖之、桓石松、卞承之、刘延祖等潜相交结，刘裕以次收斩之，并诛其家属。后桓谦走入蜀，蜀贼谯纵以谦为荆州刺史，使率兵而下，荆楚之众多应之。谦至枝江，荆州刺史刘道规斩之，梁州刺史傅歆又斩桓石绥，桓氏遂灭。（未完待续）