转眼间，三千多年已经过去，那些苟延残存的弱小灵兽族群，也回复了元气，变得强大起来，很多灵兽已懂得幻化成人，懂得与人类沟通，渐渐融入人类社会。
可是，变强的不止他们，自道教创立以来，人类不论在法术修为，以至生活上各个方面都大有进步，包括文化，建筑，道法，经济及政治等方面。与此同时，他们渐渐建立起完善的人类国度，后来出现了夏商周三个朝代。
经过三千年的研习，人类对法术的研究可谓达到了史上未有的高度，而道教内部却慢慢产了不同的分岐，渐渐分裂为两个教派，“截教”信仰吸天地之精华，滋润自身肉体，以道法修炼强横无比的肉体；“阐教”则遵从传统，感悟天地之造化，修炼自身道法，炼就无比法术神通。
因为信仰不同，他们在日积月累下产生了隔阂，不过念在同宗同源的份上，他们并没有拼个你死我活，导致进一步的斗争，但是，这也为阐截二教决裂埋下了伏线。
直至一个神秘的蚩尤后人现世，他鼓动了很多灵兽族群中的野心家，又因他们修炼方式相似，结交不少截教中人，暗中出手制造麻烦，令二教之间产生极大磨擦，使本来已有隔阂的二教，最终决裂。
他也趁机组织起只崇尚肉身武力之辈，广纳门人，积极推广武力至上，肉身成圣的理念，联合截教中人，成立“武境”对抗阐教。
随着武境日渐壮大，那蚩尤后人的野心也变得更大，想以武境完全取代阐教，成为国度中最大的教派，甚至萌生出以武力征服天下的想法。
武境与阐教的冲突矛盾日渐加剧，由最初的道法比并，演变成流血冲突，最后迎来了洪荒中第三场大劫难，被后世称为“封神劫”。
在这场由武境以及阐教惊世之战中，灵兽可谓是不可或缺的重要角色，它们实力强横，表现显赫，千年的修炼在这场大战中得到成果，也就在这时，人类对灵兽及自身道法实力有了更深的认知，对其进行了仔细的划分。
灵兽实力境界可分为八个境界，分别是魉亡境、魍魂境、魑魄境、魅灵境、幻魖境、化魁境、返魊境还有凌架于他们之上的传说境界──魃境。
至于道法境界也分为八个对应灵兽实力的境界，分别是感天、入道、养丹、金丹、破妄、修仙、归元以及最高的封神之境。
在这一场几乎灭绝所有生灵战争中，两派都先后出现了不少声名显赫的强者，一时群星闪耀，天下英雄辈出。其中武境中的蛟龙闻仲，蛮力牛魔以及无名石猴都有魃境实力，而阐教一派则培育出有“千古一道”之称的姜尚，拥有封神境界的修为。
双方带领着各自门人以及灵兽展开血战，也在此刻，姜尚为了灵兽不会临阵倒戈，创造了一种紧绑人类和灵兽双方的契约，灵契。灵契限定了灵兽和人类不能互相伤害，还要事事听命于与它签订契约的人类，终生不能反悔。除非该灵兽或人类任何一方彻底死亡，契约才会失效！
也是这个缘故，阐教中人与自己的灵兽生死与共，慢慢培养出心灵相通的默契，在灵兽的配合下，共同施展出的力量，往往比单自使出强上数倍。
所以，尽管阐教的人数在以寡敌众之下，靠着与灵兽这牢不可破的关系，施展天雷地火般的咒法，与人多势众的武境分庭抗礼！
随着硝烟弥漫，战争日趋激烈，无数道人带着灵兽，对抗力大无穷的武境中人，在白热化的战场上，呼叫连天，杀戮惨绝人寰，尸横横野也屡见不鲜。可能上一刻你身旁还有熟悉的人，但是下一刹，他们都已经灰飞烟灭。
无尽的杀戮不但令无数生灵涂炭，也动摇了二派的根本。所以，苦寻胜机的姜尚便下定决心，取出镇宗之宝，风后八阵图，再加上多年的苦苦钻研，他终于在朝歌布下了风后八阵，还原出当年八卦炼狱阵的六成威力，直接封杀了大部分强悍的武境生灵。
最后，据说姜尚还意外中获得了一件名为“封神”的鞭形武器，此鞭长三尺六寸五分，有二十一节，每一节有四道符印，共八十四道符印。鞭上每一节的符印都蕴藏着毁天灭地的禁咒力量，每释放一节的咒术，都需要庞大无比的能量才可驱动。
所以，姜尚为了结束这乱世，拯救阐教，让天下众生早日回归平静，他以自己毕生修为以及性命作为代价，召唤出十节禁咒，直接把武境的高端战力轰杀，迫使武境投降解体，天下重回太平。
整个洪荒也是因为这一场劫难，丧失了绝大部份精修道法，以及肉身强横的人类强者，连灵兽族群也萎靡不振，仅剩极小数弱小的族群，隐匿于山林中。
也是这场战争，直接结束了仙妖横行的时代，让人类失去了道法和强大的肉身，踏入皇权至上的封建时代，直至始皇死后五十年的一场天灾。