山谷激战还在继续，这个地方注定成为很多人长眠之地，有蒙古人也有南方的明人，今天他们在这里为着自己心里的大汗（皇帝）捐躯。
就在林丹汗为了触手可及的希望投入了最后的有声力量，战况发生了变化。
眼前那些方阵就好像会魔法，两个方阵在经历阵线被冲破的短暂骚动后它竟然愈合了，自己修补了缺口继续往外喷着火光和硝烟，将冲进去的勇士放走，让它们消失在整个巨大方阵体系的肚子里。
更可怕的是它们还会缓慢的移动着，将冲过去的人卷来转去的，然后用火光和硝烟将他们吞噬，两侧的明军已变成行军纵队向他压了过来。
这不是人，是头杀人的怪兽，是一台四周吐着火光的怪物在草原收割着蒙古勇士的杀人机器。
人生大喜大悲莫过于此，他知道自己梦想破灭了！
他的大军完了，他的蒙古汗国完了！
他多想有颗炮弹飞来结束他的痛苦，可长生天在这一刻格外照顾他，竟没有一颗炮弹飞来他的身边；来的是之方阵外游荡的两队骑兵，林丹汗不用想就知道这些骑兵是冲他来的，他已没心思关心在前方自己忠心耿耿部下的生死，他想到了死，以自己的死来了解这一切的痛苦。
可命运再一次给自己开了个玩笑！
他不知道自己怎么掉头的，只听到身边忠心的怯薛军大喊了句：“大汗，快走”，忠心的军官调转他的马头，在他的马屁股上狠狠的抽了几鞭子，自己带着两千人飞蛾扑火般迎上明军，为自家大汗争取时间跑路。
林丹汗被剩下三千骑带着木然往大营跑去，远远
的就看到大营冒出的黑烟。
此地不宜久留，他下意思的喊道：“回集宁”。
可没跑多远一阵密集的火炮响起，他身边的骑士倒掉大半，他的战马被脚下的尸体绊住马失前蹄，他凌空飞起狠狠的掉在血泊里，当场摔得眼冒金星；余下的怯薛军哭喊着想过来救他们的大汗，又被一阵铳声放到在地；孙传庭带着宣大镇杀了过来，趁着大营空虚将他攻破，在半路设伏将林丹汗抓获。
靠个人勇武之力的时代已过去了，火药时代已来临。
战斗在下午结束了，林丹汗带来的五万人：战场留下三万多具尸体，重伤的被明军 用刺刀补杀，明军自己都没过多的草药救治自己的重伤员，对蒙古鞑子更加不会仁慈，这是那个时代的特性；逃走的不到五千，林丹汗以下一万五千人被俘，（其中轻伤约五千人，肢体健全的不足万人），马匹万余匹。
明军伤亡不到五千人，近三千人残疾无法继续服役，接连两战将几个月储备的弹药消耗一空，禁军近期再无进行大规模的战斗的能力。
此战同样将察哈尔直属部众青壮消耗一空，察哈尔部再也无力对周边弱小部众进行无力威胁。
一日后呼和浩特城被明军攻陷，守城的五千察哈尔部死亡两千，被俘一千，两千突围直奔集宁而去，留在呼和浩特附近的察哈尔部众约三万妇孺被俘。
十天后，朱由检带着大军押着林丹汗逼近集宁，得知呼和浩特丢失的额哲（林丹汗之子）已无路可去，献出蒙古帝国皇帝玉玺，率察哈尔余部三万人投降；林丹汗与自己的儿子、七个老婆终于团聚，土默特部与察哈尔部的财富
落入明军手中。
朱由检并不想杀了林丹汗，想留着他制约其他蒙古王爷，在与他继续讨价还价后；林丹汗宣布去掉蒙古帝国汗位，将察哈尔部汗位传给其子额哲，察哈尔部世代效忠大明皇帝；其子额哲先去北京讲武学院学习，察哈尔部归还所胁迫土默特部众，明军将从察哈尔部抽一万骑兵编入明军。
朱由检承诺宣化到集宁一带为察哈尔部游牧草场，草场边线受大明皇帝保护，余下部众由林丹汗选定万户率领留在集宁一带游牧；林丹汗被封为大明逍遥王，特许拥有五十名蒙古人护卫。
从此以后，蒙古帝国灭亡。
四月二十七日，朱由检向漠南、漠北各部蒙古部落发出号令，要求四个月后在张家口外商议明蒙通商问题，同日带着在殿前直军三卫骑马去呼和浩特与顺王会晤。
孙传庭带大部队在集宁监视察哈尔余部，抽取一万骑士加入明军，与宣府镇、大同镇、骑兵一镇骑兵混编，骑兵一镇变成三旅制。
四月三十日，孙传庭带着宣府镇、四镇军禁军，押着逍遥王一家及部分战利品南下，随行牛、羊无数；九日后到达张家口，禁军四镇在此停留三日与宣府镇合编后带着逍遥王一家南下，五月二十二日到达北京附近。
大同镇总兵满桂暂驻集宁。
五月一日，朱由检到达呼和浩特暂住弘慈寺，与寺内高僧畅谈佛法，表明大明支持藏传佛教格鲁教派，希望在适当的时候四世班禅和他的弟子五世达.赖喇嘛能去北京宣扬佛法。
此时的西藏如同欧洲，处于宗教战争期，朱由检没理由不帮助班禅大师。